משרד החינוך מודה כי לבחינות המיצ"ב יש השפעה שלילית של מערכת החינוך, אך לטענתו לפרסום תוצאותיהן ברבים יהיו "השלכות הרסניות". כך עולה מכתב תשובה שהגיש המשרד לבית המשפט לעניינים מנהליים בירושלים, בתגובה לעתירה שהגישו התנועה לחופש המידע, ארגון הל"ה והורים לתלמידים הנבחנים בבחינות המיצ"ב.

בין השאר מודה המשרד כי בבתי ספר שונים נקטו המנהלים בפעולות שמטרתן היתה להעלות בכל מחיר את ממוצע ההישגים בבחינות המיצ"ב. המשרד מודה גם כי מדידת בתי הספר על בסיס ציוני בחינות המיצ"ב אינה שוויונית והיא מתעלמת מהבדלים סוציו-אקונומיים בין התלמידים. עוד טוען המשרד כי אם יפורסמו תוצאות המבחנים, יעוותו הנתונים בידי אמצעי התקשורת באופן שיגביר את התחרותיות בין בתי הספר ויגביר את החרדה שלהם מהבחינה.

בחינות המיצ"ב (מדדי יעילות וצמיחה בית-ספריים) שהוכנסו לשימוש בישראל לפני כמה שנים, מתקיימות בבתי ספר יסודיים ובחטיבות הביניים ומטרתן למדוד את הישגי בית הספר. תוצאות הבחינות אינן מתפרסמות בהליך מסודר, והן זמינות רק למנהלי בתי הספר, אשר בוחרים לעתים לחלוק אותן עם ההורים.

מתשובת המשרד עולה כי הוא מוכן לחשוף את תוצאות הבחינות על פי התפלגות יישובים, אך מסרב לפרסם נתונים לפי בתי ספר ותלמידים, כפי שמבקשים העותרים.

לטענת העותרים, שיוצגו על ידי עורכי הדין בעז בן-צור ו רז בן-דור, נימוקי המשרד מעידים על גישה פטרנליסטית, המביעה זלזול ביכולתו של הציבור להתמודד עם המידע שיפורסם. "מכתב התשובה עולה כי חלק מהנזקים שהמשיבים טוענים שייגרמו כתוצאה מן הפרסום כבר נגרמים בפועל (למרות שהציונים אינם מפורסמים), וכי הם תוצאה של הבחינות עצמן, ולא של פרסום או אי פרסום הציונים. והנה, במקום לשנות את מתכונת הבחינות או לפקח בצורה טובה יותר על פעילות בתי הספר והמנהלים, סבור משרד החינוך כי ניתן לפתור את הבעיה באמצעות הסתרה של תוצאות המבחנים מציבור ההורים".

עוד טוענים העותרים כי חשיפת ציוני המיצ"ב אינה פוגעת בתפקוד משרד החינוך, אלא תאפשר פיקוח ציבורי שידרבן בתי ספר חלשים להשתפר ותסייע להורים לעקוב אחר הישגי ילדיהם. "דווקא הסתרת המידע ואי גילויו הם שגורמים לחרושת שמועות, ומזיקים יותר מחשיפת האמת", אומרים העותרים.